กระทรวงยุติธรรมมีเขตอำนาจในการควบคุมคณะกรรมการการสอบเนติบัณฑิตแห่งชาติ คณะกรรมการตรวจสอบความปลอดภัยสาธารณะ และสำนักข่าวกรองความมั่นคงสาธารณะ ถึงแม้ว่าสำนักงานอัยการเป็นส่วนราชการหนึ่งของกระทรวงยุติธรรม แต่รัฐมนตรีว่าการกระทรวงยุติธรรมไม่มีเขตอำนาจในสำนักงานอัยการแต่อย่างใด[2]

วันที่ 1 เมษายน ค.ศ. 2019 มีการจัดตั้งสำนักงานบริการการเข้าเมือง (ญี่ปุ่น: 出入国在留管理庁 โรมาจิ: Shūnyūgoku Zairyō Kanri Chō; อังกฤษ: Immigration Services Agency) โดยมีกระทรวงยุติธรรมเป็นหน่วยงานกำกับดูแล[3]